Để khai thác tiềm năng và lợi thế nhằm phát triển Khu vực cửa khẩu Quốc tế Cầu Treo thành khu vực kinh tế năng động của tỉnh Hà Tĩnh, ngày 19/10/2007 Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 162/2007/QĐ-TTg về việc ban hành Quy chế hoạt động của Khu kinh tế cửa khẩu Quốc tế Cầu Treo, tỉnh Hà Tĩnh. Theo đó toàn bộ Khu kinh tế được xác định là Khu phi thuế quan với những cơ chế, chính sách ưu đãi đặc biệt về đầu tư, thuế, tín dụng, đất đai và một số cơ chế chính sách khác. Cụ thể:
1. Ưu đãi về thuế:
- Hàng hoá, dịch vụ sản xuất , tiêu thụ trong khu kinh tế và nhập khẩu từ nước ngoài vào khu kinh tế không phải chịu thuế gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt. Hàng hoá, dịch vụ từ nội địa Việt Nam đưa vào khu kinh tế hưởng thuế suất GTGT là 0%;
- Hàng hoá, dịch vụ từ nội địa Việt Nam và nhập khẩu từ nước ngoài vào khu kinh tế được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Hàng hoá sản xuất gia công, tái chế, lắp sáp tại khu kinh tế khi xuất khẩu ra nước ngoài được miễn thuế xuất khẩu.
- Hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu kinh tế có sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện và bán thành phẩm từ nước ngoài, khi nhập khẩu vào nội địa Việt Nam thì được miễn thuế nhập khẩu trong 5 năm liền kể từ khi bắt đầu sản xuất: trường hợp không sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài. Khi nhập khẩu vào nội địa Việt Nam thì không phải nộp thuế nhập khẩu.
- Tổ chức, cá nhân tham gia hợp tác kinh doanh hoạt động trong khu kinh tế sau khi đã quyết toán với cơ quan thuế mà bị lỗ thì được chuyển các khoản lỗ sang năm sau, số này được trừ vào thu nhập chịu thuế.
- Được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 9 năm tiếp theo và được áp dụng mức thuế là 10% trong 15 năm kể từ khi dự án bắt đầu hoạt động kinh doanh; Dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất thì được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mang lại tối đa là 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa là 7 năm tiếp theo.
- Cá nhân thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập theo quy định pháp luật được giảm 50% số thuế phải nộp.
2. Ưu đãi về đất đai:
- Các dự án đầu tư vào Khu kinh tế được miễn tiền thuế đất trong 11 năm đầu;
- Được hưởng mức giá thuê đất 30% giá thuế đất áp dụng cho các huyện miền núi từ năm thứ 12 trở đi;
- Toàn bộ diện tích đất, mặt nước đã quy hoạch của Khu kinh tế được giao một lần cho Ban Quản lý Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo để giao và cho thuê lại.
3. Ưu đãi về đầu tư: Các dự án đầu tư vào khu kinh tế được hưởng các ưu đãi tối đa áp dụng đối với các địa bàn kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của các Luật Đầu tư, Thuế giá trị gia tăng, Thuế tiêu thụ đặc biệt, Thuế thu nhập doanh nghiệp và các ưu đãi khác theo Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
4. Ưu đãi về tín dụng: Doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế đầu tư, sản xuất, kinh doanh tại khu kinh tế được vay vốn tín dụng ưu đãi theo quy định của Chính phủ về tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước.
5. Ưu đãi khác:
- Mua hàng miễn thuế: Khách du lịch trong nước, ngoài nước khi vào khu kinh tế được phép mua hàng nhập khẩu miễn thuế đưa vào nội địa với trị giá không quá 500.000 đồng Việt Nam/người/ngày
- Mua xe ôtô nhập khẩu: xe ôtô dưới 24 chỗ ngồi do các doanh nghiệp có cơ sở sản xuất kinh doanh trong Khu Kinh tế nhập khẩu vào Khu Kinh tế được miễn thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng.
- Phương tiện giao thông cơ giới đường bộ có tay lái bên phải được ra, vào Khu Kinh tế để vận chuyển hàng hoá, hành khách giữa Khu Kinh tế với Lào và các nước láng giềng.
- Mọi thủ tục cấp phép xuất cảnh người và phương tiện được thực hiện ngay tại cửa khẩu.